работает с Рутокеном следующим образом:

Сертификат ГОСТ из Рутокена ЭЦП 2/3.0 - данный эмулятор считывает (точно так же, как он считывает ГОСТ и из реестра).
Т.е. - втыкаем Рутокен в усб компа, на который установили эмулятор.
Далее - можно подцепить к нему (к эмулятору) - несколько RSA-сертификатов в формате pfx, ну или через эмулятор - запросить и получить их из ЕГАИС (хоть 100, лишь бы комп, на котором установлен эмулятор, потянул 100 УТМ.
Далее - создаётся несколько копий УТМ (через интерфейс эмулятора), привязываются к этим копиям УТМ - необходимые RSA и этот один единственный ГОСТ (из Рутокена).
Всё делается через интерфейс эмулятора.
Далее - запускаются эти экземпляры (копии) УТМ - и обеспечивается к ним доступ по сети из нужных магазинов.
Всё..
Не нужно устанавливать на каждом магазине УТМ, нужно лишь обеспечить доступ к IP-адресу компа, на котором установили эмулятор, и соответственно порты - 8080, 8081, .. и т.д. .. 808100