Все замечательно... Подозреваю, что админ вашей БД ленился раз в полгода прогонять перерасчет остатков, в то время, как галки на МХ о расчете на них остатков менялись раз в неделю... Как вариант - проверить, что галки везде установлены и произвести перерасчет остатков. Второй вариант - восстановиться из бекапа. Третий - провести расследования, выделяя проблемы: а) сейчас остатки правильные, но раньше их не учитывали б) сейчас остатки неправильные и не совпадают с движением товара по 5-10 взятым для примера товарам в) сейчас остатки неправильные, но совпадают с движением товара по 5-10 взятым для примера товарам, в процессе выяснения вариантов неплохо бы попытаться определить в какой момент времени, каким документом были добавлены остатки