Если есть драйвера, то обязано заработать. Засада может быть в отсутствии дров, например. Я просто пока конечной задачи никак не пойму, а потому боюсь, что дам неверный совет. Засада может быть дальше в том, что будет использоваться Wine или виртуалка, а там уже нюансы просто гроздью. В Linux работа с устройствами гораздо проще, чем в винде, все устройства, включая диски, CPU и прочее, монтируются в /dev, откуда их может читать кто угодно с соответствующими правами, хоть просто cat /dev/device. Соответственно, независимо от устройства, дрова могут его засандалить куда угодно. Вопрос в том, куда дальше это все пойдет и где это "куда" будет искать сканер.