Есть подозрение, что COM порты на плате расширения собраны на контроллере с программной эмуляцией адреса и прерывания. А ФР требует стандартные хардварные прерывания.
В связи с этим и проблема.
Для сканеров, дисплеев покупателя, если не ошибаюсь пин падов - это не критично.