Рутокен и ДжаКарта тут не причем - и на том и на том носителе данные ошибки стали появляться после выхода обновления УКМ 2.0.4.
Вызвано это тем, что в версии УТМ 2.0.4. реализован контроль за лицензиями на вид деятельности организации. Правильно и корректно он не встает без прогрузки сертификата PKI (на Рутокен возможно просто записать по новой сертификат (хотя была ТТ на которой пришлось делать все спектр работ, как для ДжаКарты), на ДжаКарте - только переинициализация PKI и запись сертификата по новой).
Были ТТ, после выше описанных мероприятий вставали с ошибкой УТМ - лицензия на вид деятельности отсутствует. -> звоним в лицензирующий орган и сверяем ИНН, КПП (организации или обособленного подразделения) и ФС РАР ID и действует ли для них лицензия (предварительно можно проверить на сайте ФС РАР (). Были случаи, проводилась перерегистрация или юр.лицо работает по разным видам налогообложения (но об этом как-то забыли оповестить) - и менялось КПП, обе лицензии висели в Личном кабинете (после получения сертификата на старый КПП - УТМ вставал в ошибку)
P.S. По опыту скажу, ДжаКарты очень сильно подвели, куча выходов из строя (благо меняли по гарантии, но нервов сколько потрачено и у кассиров и у айтишников), поменяли на Рутокен ЭЦП 2.0 - проблем стало на порядок меньше (максимум если контроллер USB зашатается, в остальном (тьфу тьфу тьфу) работаю хорошо).