Мы не ставим галочку.
При добавлении товара, которого нет в заказе выдается сообщение.
При добавлении товара в количестве, большем , чем в заказе опять выдается сообщение.
Чтобы посмотреть, что недовезли есть отчет "Исполнение заказов".
Кстати можно спецификацию заполнить, но количество не проставлять... Тогда у тебя в накладной строки с нулевым количеством - то, что заказали, но не привезли.