1. есть же конкретные рекомендации для подобных сетей,
например грузить отдельно товары, без адресно, и отдельно цены по магазинам.
так как обработка и загрузка цен происходит быстрее чем по товарам, по которым в 90% случаях ничего не меняется.
2. очередь конечно можно почистить. не вижу проблем. просто нужно разобраться с рекомендациями по импорту, или по настройкам размеров пакетов и т.д.
3. 180 магазинов на одном сервере... и что? Есть примеры и > 4000 магазинов на одном сервере Set Centrum 10.