За все время жизни в системе Linux часто накапливаются символические ссылки, ведущие в никуда.
Причин этому много и надо просто исходить из того, что это так и есть.
Вот пример на поиск неработающих символических ссылок в /usr
Проверка на наличие неработающих символических ссылок
Код:
sudo symlinks -r /usr | grep dangling
Удаление найденных
Код:
sudo symlinks -r -d /usr