Для начала осознать главное различие в подходах к подсчету.
сличилка вычисляет недостачу/излишки в штуках, а потом уже то, что получилось, умножает на выбранную цену.
ручной подсчет требует сначала привести приходы и расходы к одним ценам. даже если исключить неправильный подсчет, то останется погрешность приведения цен.
если считать в розничных - надо правильно учесть упомянутые переоценки и скидки, что крайне непросто.
если считать в себестоимости - выплывут ошибки товародвижения.
то есть корень расхождения в том, что сличилка считает по "снимку" текущего состояния, а ручной подсчет работает по истории товародвижения (себестоимости) и изменения цен. правильно учесть все факторы этой самой истории при ручном подсчете - очень трудно.