Я не особый спец в этом вопросе, но я бы сделал следующие:
установи себе statapac и поснимай с помощью него моментальные снимки между которыми у тебя происходят события(сличилка и т.д.). По этим снимкам ты сможешь посмотреть общее состояние базы т.е. что вызывает у тебя основные ожидания(цп, жесткие диски,процент жестких разборов высок по сравнению с мягкими и т.д. может быть не хватает памяти под SGA), какие запросы выполняются чаще всего и дольше всех, какие индексы при этом используются - может их надо просто перестроить.
С помощью представлений посмотри есть ли место в ТП как работают ТП отката и временные ТП(может стоит их уменьшить или увеличить их количество). Найди сегменты, экстенты и блоки связанные с таблицами и индексами в которые запсывается информация при проведении твоих документов - может быть в блоках мало свободного места а самих блоков очень много и надо просто поработать с блоками данных(сделать shrink).
Как часто собираешь статистику - может надо попробовать изменить тактику - слишком часто собирать статистику тоже плохо - растет процент жестких разборов запросов.
Какой размер базы - может стоить попробовать самые большие таблицы секционировать.
Пока это все будешь делать я думаю у тебя многое всплывет и будешь принимать те или иные решения.
Всё это довольно сложно но можно, попробуй воспользоваться советом Олега.