Мы поподробнее разобрались с этой проблемой. Помимо закешированных сборок есть еще одно место, которое влияет на старт сборок и, причем, в первую очередь. Контроль номера сборки осуществляется по записи в реестре. При стандартной регистрации новой сборки ее номер должен добавляться в перечень номеров сборок. По факту у MS имеется ошибка в этом процессе и новый номер сборки не проставляется.
Короче. Чтобы сейчас вылечить проблему надо найти в реестре все записи, содержащие "Sm.Terminal.ScanPlus" и удалить их, затем проинсталлировать клиентскую часть еще раз.