С конца.....
В торговых системах необходима скорость обработки и надёжность хранения (в смысле без потерь данных) Вот и вопрос как шифрование может "повысить" скорость работы и как дополнительная операция может увеличить надёжность. По моему так это совершенно излишне - шифровать торговые базы.
Саму базу данных шифровать не нужно. Этим занимается ОС(Шифрованная файловая система). А вот внешний архив базы шифровать можно и нужно.
HandyBackup (не реклама а просто пример) 1С базы (да и любые) шифрует при архивации по расписанию.
как уже сказали, рабочую базу шифровать не стоит. а вот бэкапы - пожалуйста. можно, например, создать filebased encrypted filesystem при помощи , и кидать их туда