Конвертация таблиц MyIsam в Innodb : УКМ-4

В укм-4 из 500 с лишним таблиц только 16 на MyISAM.

Ну так это ни о чем не говорит :) Может быть именно для этих таблиц важно быстрое чтение и неважна транзакционность.
Нельзя рассматривать только с точки зрения удобства бекапа, разработчики с точки зрения быстродействия и надежности смотрят...

Получил ответ от ТП, большая часть этих таблиц вспомогательные,скорее всего их бэкап и не потребуется

С год назад перевёл на СГО все таблицы (вообще все-все - и ukmserver, и import4, и export4) в InnoDB - в связи с тестированием системы на Percona XtraDB Cluster (где одним из ограничений является работа с таблицами InnoDB онлы). За год ни одной проблемы, связанной с производительностью, целостностью данных или выполнением транзакций. На PXC, правда, пока не перешли...