Всем спасибо. Написал ответ,а пока писал до самого дошло, что запятые не поставил... Все работает в 3 запроса:
1) delete from smcommonbases where baseid in (select id from smdocuments where doctype='WI' and docstate=1) удаляет общие основания
2) update smspec set causetype= null, causeid=null, causespecitem=null where causeid in (select id from smdocuments where doctype='WI' and docstate=1) удаляет основания для товародвижения
3) delete from smdocuments where doctype='WI' and docstate=1 удаляет накладные