Отличия сложно объяснить в двух словах и на пальцах.
Вкратце: автозаказ заказывает товара, чтобы хватило до следующей по графику поставки, заказ по контракту - на те дни, которые ты указал в шапке.
В 1.026.3 был в "Заказ по контракту" был добавлен алгоритм, похожий на автозаказ. Просто прозрачнее это выглядит, чем в автозаказе. Ну и опять, не совсем автозаказ. Тоже есть отличия.
Что использовать? Это личный выбор каждого.