Я тут за ночь еще один вариант придумала...
Правда это проходит, если у тебя одно юр.лицо.
С вероятностью 99%, у тебя выбран вариант расчета - Полный FIFO.
Предлагаю выбрать вариант FIFO без мест хранения.
Ну во-первых, с точки зрения законодательства правильнее считать себестоимость в целом по предприятию, а не по отдельным его подразделениям.
Во-вторых, количество отрицательных остатков резко уменьшается. И в таком виде с ними уже можно бороться путем ежедневного оприходования излишков. Т.е. утром запускаем отчет, смотрим отрицательные остатки, выявляем виновных, делаем предыдущей датой приходную(ые) накладную(ые) с операцией "Инвентаризация излишков".
Но опять таки всё это - с полной очисткой аналитических таблиц, или закрытием периода и сменой учетной политики.