Была потребность переписать РСА на "старом" ключе с доверенностью от 20/06 - переписалась.
Новые сертификаты с июльскими доверенностями всё ещё не пишутся.
Похоже всё-таки косяк с реестром - до какого-то момента развернули бэкап, а всё что после этой даты пересчитывают заново и оно не доступно.