Ну вы блин даете...
Когда генерите запрос, на ключ записывается одна из "половинок" ключевой пары, (не помню точно - то-ли открытый, то-ли закрытый ключ), и когда записываете сертификат, то проверяется совпадение этих "половинок". Если Вы проинициализировали область ГОСТ после запроса, то "половинка", записанная на ключ удаляется, ключ становится "пустым", совпадать нечему(точнее - не с чем), и результат соответствующий - пишет, что это другой ключ... Сертификат надо заново перевыпускать, а платить за это деньги, или нет - как УЦ решит... Скорее всего - придется, так, как это Ваш косяк, 100%... Если только пойдут на встречу, учитывая, что ни одного дня не пользовались.