На самом деле, почтовый модуль довольно давно (где-то в 27 версии) научился корректно закрывать сессии и не копить их по 100 штук на базу.
Единственное исключение - при закрытии Администратора почтового модуля сессия иногда не обрывается, когда закрываешь его крестиком. Надо вернуться на первый экран и нажать кнопку "Выход".
Если вы практически не используете администратор почтового модуля, то надо внимательно изучать логи, дело в чем-то другом.
Кстати, а сколько потоков настроено на прием пакетов?