Так просто не получится. Т.к. на всех магазинах справочники товаров, прайс-листы, виды цен скорее всего буду пересекаться в Id, то же касается и id касс.
Если хотим чтоб на магазинах все осталось как есть, только при этом еще и СГО был, то будет много работы на каждом магазине и на каждой кассе.
Как по мне, так все же лучше делать как задумано в С+. Т.е. при подключении магазина к СГО, полностью прописываем его по все правилам и переустанавливаем кассы, а дальше как кому хочется - восстанавливаем номера смен на кассах, либо заводим новые номера и смены с 1.
Для второго варианта видится следующее - старый сервер продолжает обслуживать линейку. Настраиваем новый и туда постепенно переносим кассы. Тогда и магазин закрывать не придется. Для этих целей лучше обзавестись временным ключом-лицензией.