Ну как бы так и должно быть.
в чём вопрос то?
Вы вообще знакомы, с функционалом SET
в настройках есть такая "галочка"
Crystal\оборудование\настройки\Импорт данных\
"Только одна цена у товара"
которая, при значении "Да", говорит о том что у одного товара может быть только одна цена в одном, и если приходит вторая, то она считается единственной, а предыдущая блокируется.
Это же .... азы :)