Простите, но мои телепатические способности не работают на расстоянии 5000 км. (Опять вспоминается baggio)
Поэтому, делаете трассировку себестоимости по проблемному артикулу товара, выкладываете сюда файл трассировки, мы его анализируем и объясняем вам причину.
Как сделать трассировку расчета написано в пункте 2.2.2 в Том 7_1. Руководство Администратора БД, v1029.2.pdf