в одном магазине что то подобное происходит на версии кристалл сета 5.2.80.04 когда полную загрузку с внешней системы кидают, а потом в догонку еще разок закидывают полную загрузку то есть первый пакет данных в базу еще не прогрузился а машине уже второй пакет накидывают. Цены слетают, обратно встают только после очистки таблицы transfercmd и полной прогрузки. Сошлись на том чтобы загрузку делали с разрывом минут 20-30 после первой прогрузки, все стало норм загружаться , но иногда забывают.