Не вижу разницы. Только по опыту (я уже не один десяток баз перевел на СМ), импортировать документы в базу напрямую не в черновике - наступишь на целое поле граблей. При проведении документа расчитываются и запоминаются некоторые данные, которых нет в бумажных документах, т.е. тебе придется считать самому и смотреть, чтобы не забыть что-нибудь. При импорте в XML многое за тебя сделает почтовик.