Добрый день, VVY!
Что касается клиентов, то не совсем понял о чем речь, товар для отгрузки клиенту может быть просто в оплаченном резерве, а в момент отпуска расходуется. А вот для филиалов аналогично использую виртуальные транзитные склады. Честно говоря, даже не представляю как это можно сделать по-другому... Если кто скажет, буду рад.
А вообще, тема резервирования и учета движения товара очень интересная и полезная. Можно даже отдельную ветку создавать.