В одном из релизов обновлений БП 3.0 (возможно - в 3.0.40.42) - есть ошибка (задвоены предопределённые элементы).
Если перед обновлением конфигурации была обновлена платформа до последней версии (на текущий момент - 8.3.6.2332), то после этого обновление конфигурации не проходит с ошибкой "Имя предопределенного элемента не уникально".
Решение: поставить предыдущую версию платформы (к примеру, 8.3.6.2299). Тогда можно будет "проскочить" проблемный релиз (в следующих обновлениях конфигурации проблема устранена).