Если под Linux все просто и прозрачно (fdupes), то под Windows найти дубликаты файлов можно с помощью этой утилитки.
К сожалению, программа требует инсталляции (может быть, потом ее перенести файлами не проблема, не пробовал), но потом в разных вариантах и достаточно шустро ищет дубликаты по различным параметрам.
Чем пользуетесь вы? Слышал про возможности Total Commander, но у меня стойкая к нему неприязнь. Вроде как можно и в CCleaner это делать, не пробовал.