Обязательно ли использовать онлайн-кассы при приеме платежей через Яндекс.Кассу или другие платежные агрегаторы?
Да, обязательно. Так как согласно 103-ФЗ «О деятельности по приему платежей физических лиц, осуществляемой платежными агентами.» (ст. 1, п.2):
Положения настоящего Федерального закона не применяются к отношениям, связанным с деятельностью по проведению расчетов: <…>
4) осуществляемых в безналичном порядке;
5) осуществляемых в соответствии с законодательством о банках и банковской деятельности».
Таким образом, платежные агрегаторы освобождены от применения ККТ, и обязанность по применению ККТ ложится на интернет-магазин.