Упс. Прошу прощения, разобрался в чем причина, синтаксис немного другой был, из первого скрипта второй вызывался так:
Так вот, если первую точку убрать, то всё будет работать как надо, а если оставить, то видимо второй скрипт воспринимается не как отдельный, а как вложенный (include) в этот и, соответственно, по exit завершается всё.