Не знаю по поводу Эвотор, но общие принципы - для ЧЗ используется обычный ГОСТ сертификат, не привязанный к КПП, в отличии от PKI сертификата ЕГАИС. В ЕГАИС для этого и сделан отдельный сертификат, что-бы на каждое "обособленное подразделение", иметь свой сертификат, привязанный к ЕГАИС_ID, который в свою очередь привязан к связке ИНН/КПП.
Поэтому, для ЧЗ Вам достаточно одного сертификата. А как Вы будете это делать на Эвоторе(видимо, мазохизм еще тот), это уже второй вопрос...