В общем так. Первый раз не всё прочитала...
В приходной накладной проставляешь сертификат.
В расходной накладной, в режиме спецификации нажимаешь кнопку "Сертификаты/ГТД" и заполняешь спецификацию расходной накладной (сертификатами, номерами ГТД, чем душе угодно...).
После сохранения этого документа сертификаты у тебя есть и в печатной форма приложениия...