Или не берет.
Во-первых, надо внимательно читать, что написано в вашем законодательстве. В российском, в принципе, можно не указывать цены при перемещении. Хотя, законодательство по этому поводу в России спорное.
Во-вторых, в Супермаге вполне можно завести тип цены "Закупочная без НДС", привязать её к нужному месту хранения, и использовать.
В-третьих, если в Супермаге выбрать вариант расчета "FIFO без МХ", то себестоимость перемещений посчитана не будет, Супермаг данные документы просто проигнорирует. Если выбрать "Полный FIFO", то себестоимость в перемещениях посчитается. По FIFO. И в аналитических таблицах будет как стоимость с НДС, так и стоимость без НДС.