Предположение...
В версии 1.026.4 на вкладке "документы" есть кнопочка "остаток на начало".
Если она не нажата, то система будет показывать "влияние на остаток", считая что на начало периода (за который документы отбираете) остаток 0.
Вот и может появиться разница. Сам сталкивался, довольно веселая ситуация :)