Систему налогообложения ЭЛВЕС-МФ по умолчанию берет не из таблицы 11.Параметры регистрации, а из таблицы 3.Кассиры стр 66 в инструкции - Поле 7 или из таблицы 7.Секции стр 68 - Поле 4
А что из этого выбрать - настраивается в таблице 2.Настройки - Поле 12:
0 - из таблицы 3.Кассиры
1 - из таблицы 7.Секции
Если система налогообложения одна, просто установите везде одно и то же.
Если систем налогообложения несколько, то у всех товаров в чеке будет система налогообложения такая же как и у первого товара. Невозможно пробить 2 товара в одном чеке с разными системами налогообложения
Ставка НДС же настраивается в таблице 7 - секции Поле 2 (Страница 68)