Я в 1С Бухгалтерии 3 это делаю - выбрал предприятие, выбрал директора, выбрал ФЛ, выбрал полномочия, нажал "Подписать и отправить". Сохранил на диск уже готовый zip-архив с зарегистрированной МЧД.
P.S. Но это если вы полноценный учёт ведёте с сотрудниками.