У нас УКМ4 и мультифискальность. МХ одно, отделы забиты в укм4, привязка идет к группам товаров (они привязываются к отделам).
Что делать, если несколько МХ - не знаю. В СМ2000 вообще нет понятия нескольких юрлиц. Если имеется в виду разбивка по МХ, то наверное организовать можно, в укм4 завести 2 или более магазинов, соответственно несколько справочников товаров и несколько конверторов выгрузки. Уточнить механизм лучше у С+.
А почему решили перейти с укм win ? Смысл ?