Начав тестировать написанное под Windows, ужаснулся. Нюансов целое ведро, особенно, связанных со Swing/AWT. Например, в Java есть свое видение отрисовки окон, кардинально отличающееся от штатного, виндового. Окошки получаются, мягко говоря, не очень красивые и тормозные. Лечится вставкой кода.
Код:
UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
в Linux ничего не меняется, в Windows окна становятся нормальными.