Возможно, ваша карта содержит несколько сертификатов с одинаковым ID : ЕГАИС в опте и рознице

И еще круче:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<ns:Documents xmlns:tc="http://fsrar.ru/WEGAIS/Ticket" Version="1.0" xmlns:ns="http://fsrar.ru/WEGAIS/WB_DOC_SINGLE_01">
<ns:Owner>
<ns:FSRAR_ID>3463047</ns:FSRAR_ID>
</ns:Owner>
<ns:Document>
<ns:Ticket>
<tc:TicketDate>2016-01-12T19:01:19</tc:TicketDate>
<tc:DocId />
<tc:TransportId>566ce1ba-051f-40e7-83fa-9057409e37be</tc:TransportId>
<tc:DocHash />
<tc:DocType />
<tc:Result>
<tc:Conclusion>Rejected</tc:Conclusion>
<tc:ConclusionDate>2016-01-12T19:01:19</tc:ConclusionDate>
<tc:Comments>WIN 32 ERROR: Неправильная подпись
Возможно, ваша карта содержит несколько сертификатов с одинаковым ID
</tc:Comments>
</tc:Result>
</ns:Ticket>
</ns:Document>
</ns:Documents>

комп вообще не трогали, ничего не менялось, до вчерашнего дня все было нормально, теперь две квитанции такие пришли

Точнее с двух точек пришли, по одной. Почему-то править сообщения нельзя.

Такая же ошибка!
WIN 32 ERROR: Неправильная подпись
Возможно, ваша карта содержит несколько сертификатов с одинаковым ID

на карте один сертификат.
Где копать, к кому обращаться, как исправить???

Возможно, что у Вас тестовый сертификат.
Я такую же ошибку получаю.
На тестовом контуре теперь нельзя работать с тестовым сертификатом.
Нужно получать боевой сертификат.

нет! У меня боевой сертификат. Во всех МХ нормально всё проходит, а в одном такой затык.

Тоже не понимаю, что делать, сертификат один, подписывает без ошибок, а возвращается такая фигня.
Из 100 точек - на двух.

вот что нашел на egais2016.ru:

3.4.1. На запрос возвращается тикет с ошибкой «WIN 32 ERROR: Неправильная подпись»
Крипто-тикет «Неправильная подпись» возвращается только в одном случае: закрытый ключ на носителе, которым подписан документ, не соответствует открытому ключу в сертификате. Самая вероятная причина ошибки: на носителе записан сертификат не от той ключевой пары. Если у Вас записан уже боевой сертификат - рекомендуем обращаться в УЦ, который Вам сертификат выдал. Если сертификат тестовый – Вам поможет инициализация вкладки ГОСТ.

Пару раз за несколько месяцев работы появлялся такой криптотикет : "WIN 32 ERROR: Файл или папка повреждены. Чтение невозможно. Возможно, ваша карта содержит несколько сертификатов с одинаковым ID".
видимо это из-за каких-то сбоев в системе ЕГАИС, т.к. на карте нет никаких лишних сертификатов.

Короче так:
Отвезли ключ в компанию, где его купили. Там сделали запрос в Москву, переинициализировали ГОСТ.
Затем мы вернули ключ в магазин, получили PKI (те же цифры получились).
И через какое-то время всё заработало!