хм... запустила в ручную бекап намного раньше планового - выполнился до конца. Значит, говорите, дело в заданиях - кроме выше перечисленных ничего не находится.
Если они были подключены через сервер приложений, то TD не всегда успевает перезапустить сервер приложений и, соответственно, товародвижение не пересчитывается. Относится-ли эта ситуёвина к бэкаперу, сказать не могу.