Т.е. структуру БД ты, как миниум, развалил. При нормальной структуре не могут быть записи без документа. Там ключи внешние. Про использования оптимизатора я повторяться не буду, но суть текущей проблемы - узнать, кто и что делал с твоей БД, потом оторвать ему руки и прочие возможности это повторить, после чего мучительно начинаешь вычищать остатки данных в БД и восстанавливать ее структуру.
удаление записей в SMSPEC об этом документе, и выгрузки его из магазина, не решит проблему?
Для более детального совета надо иметь доступ к БД. А в общем, что делать, написано вот в процитированном тобой. И сделать это надо максимально быстро.
вычищать - это я так понимаю удалять все записи про документы которых нет в БД? и загружать их заново? в каких еще таблицах хранятся записи о доках, кроме SMSPEC?