С винтами скорее всего все впорядке, был раз такой случай из за винды.
Для начала попробуй скопировать все с винтов
удалить и создать заново зеркало
пару раз сделать полный формат (лучше из командной строки)
а потом вернуть все обратно.
Проверь новые прошивки на сервер, контроллеры и винты (.
(можно скачать диск с прошивками но он от начала года, остальное тогда вручную докачать)
Если не поможет - переставляй винду.