А штатная процедура пометить карточку к запрету на приемке и не подойдет? Этот механизм автоматически убирает товар из формирования заказов. Вроде была такая функция.
Красиво не будет, товары останутся в своих группах, но как минимум будут участвовать в отчетности по своим группам, которые всяко пригодятся.
Скрипты это хорошо, но контролировать их обработку и результат, когда уже все забудется и успокоится, будет сложно. Подозреваю постоянное наличие ручного труда.