Да, в закладке "Периоды" есть одна запись о закрытии периода с обрезкой БД. Запись и в старшей бд и подчин. одинаковая (скрин с записью есть в 1-ом посте).
Проблема решена с помощью ТП Сервис+.
Цитата: В ходе обрезки в подчиненной базе происходит перенос в аналитические таблицы FFMapRep_ и FFSpec_ компенсационных накладных на восстановление списанных остатков на конец периода, присланных из ЦО. Этот перенос происходит внутри одной транзакции. То есть либо документы появляется в обоих таблицах, либо, если транзакция неуспешна, отсутствуют в обоих таблицах. У клиента в подчиненной базе произошло рассогласование содержимого таблиц FFMapRep_ и FFSpec_, то есть в одной таблице документы есть, в другой нет.
Нужно удалить из FFSpec_ документы, относящиеся к периоду, закрытому на 01.12.2014 и после этого запустить процедуру обрезки подчиненной базы.:
delete from FFSpec_ where EndDate=TO_DATE('20141201','YYYYMMDD');
commit;