Да, кстати в теме ошибся, написал про запрос на контрагента - правильно запрос остатков
В итоге: Память компа в полном порядке, количество ссылок никакого влияния на работу УТМ не оказывало... Размер полученного файла (ответа на запрос остатков) был 46Мб.
Помогло увеличение размера кучи. Но размер кучи Jvm указывается не в настройках Java, а в bat-нике инсталлера демона... демона транспорта сначала надо деинсталлировать, а потом с введенными параметрами инсталлировать снова. Введенные параметры --JvmMs 500 --JvmMx 1000