В общем, по итогам кучи убитого времени...
Ничего, кроме Paragon Hard Disk Manager 15 для усечения $MFT я не нашел. Однако, при попытке усечения того диска, где $MFT 60Гб, PHDM ругается, что на диске ошибки, и просит прогнать встроенные средства проверки. Прогнал встроенный в PHDM, говорит есть ошибки, прогоняй chkdsk, прогнал, поправил. При сжатии MFT все равно говорит, что не может что-то там переместить вверх. После каждой попытки сообщается, что в журнале NTFS появляются записи и журнал в ридонли. Ходил по кругу несколько раз.
Чтобы долго не растекаться по древу... PHDM 15 с этой задачей не справляется, PHDM 16 просит инет, которого на месте нет. Есть еще какие-то средства для сжатия $MFT?