Если честно - не понял, что произошло.
Скрипт просто "очищает" в базе удалённые объекты (для каждого файла делается "клон" файла (пустой), из текущего файла - выгружается в текстовик, из текстовика - загружается в "клон").
Всё!
Больше никакого изменения он делать не должен.
Если движение было - то оно должно было остаться!