Да, вы правы, для приходных накладных нет функции импорта GenerateDocNoWI или подобной.
Как вариант, могу предложить сделать отдельную сквозную нумерацию документов в том программном обеспечении, в котором вы формируете XML.
Т.е. у вас сам магазин формирует документы с номерами ПН20000000003, а импортируются ПНИ200000000003 и т.д.
Ну или попросить С+ добавить функцию в работу XML-конвертера.