"Реализация товаров и налоги" разнятся данные : Супермаг Плюс (Супермаг 2000)

изменятся по отношению к чему?

отмотай к началу ветки: для накладных берется из спецификации.

в накладной оператор обязан забить не то, что в карточке, а то, что в счет-фактуре.
если кто-то считает, что в фактуре не то - не оператора дело рулиться с поставщиком.

А в расходной накладной?

Изменится по отношению к предыдущим результатам отчета за тот же период.

В результате чего?
Исправления документа задним числом? - Да, естественно изменится.

Интересует в первую очередь реализация

ты не поверишь: если разрешать править документы задним числом - меняться будут ВСЕ отчеты. :)

А если не задним?

по кассе или по накладным?

По накладным

А если не задним, то какой отчет меняется?
Вчера он был пустым, сегодня в нем появились данные по данному документу.
Завтра данные сохранятся.
Просто они будут посчитаны по той ставке, которая указана в документе. Правильная она или нет - неизвестно.