Столкнулся с такой же проблемой. Сервер приложений не стартовал после остановки службы или перезагрузки сервера. Win 2008 R2. Вылечилось остановкой службы "Общий доступ к подключению к Интернету (ICS)".
Причем первоначально она была выключена, но, видимо, при установке обновлений Windows самостоятельно активировалась.