Боюсь, что тут без детального исследования длины каждого этапа с мониторингом загрузки на каждом из них не обойтись.
Суть расчета - загрузка себе в %TEMP% и обсчет, заливка в базу. Хочешь сказать, что общее время изменяется за счет второго этапа? Там главное - сетка, нагрузка в базе, скорость чтения с диска, способность к записи дисков БД.